当期が赤字で所得がない無所得申告法人に該当する場合、繰越欠損金があるので今期は納税しなくてよいことになっています。
しかし、欠損金が発生した期の青色申告が税務調査によって取り消されるケースもあります。
この場合、欠損金が発生した期は白色申告となり、欠損金は繰り越すことができず、予定外の納税が発生してしまいます。
もちろん、不正があった場合は、青色申告を取り消されてもしかたがありませんが、不正のレベルではないにもかかわらず、青色申告を取り消すと調査官からいわれることがあるのです。

◎青色申告の取消基準をおさえておこう

青色申告を取り消すといわれたときに慌てないように、「青色申告の取消の基準」について把握しておくと安心ですね。
基準は、国税庁の事務運営指針「法人の青色申告の承認の取消について」に記載されています。

〈国税庁の事務運営指針〉
「法人の青色申告の承認の取消しについて」
青色申告の取消しに該当する場合の留意点
①帳簿書類を提示しない場合
②税務署長の指示に従わない場合
③隠蔽、仮装などがあった場合
④無申告、期限後申告の場合

このうち③の隠蔽、仮装などがあった場合について説明しましょう。
青色申告を取り消す場合として次の記載があります。

（１）無申告のため税務署長が所得金額を決めた場合、または税務調査により否認されて所得金額を決めた場合
（２）税務調査により否認され、欠損金額を減らされた場合

ただし、（１）または（２）に該当する場合でも、その事業年度前7年以内に関して、次の条件を満たし、今後は適正な申告をする旨の申し出が合った場合は、青色申告の取消しを見合わせることになっています。
　●青色申告の取消しを受けていないこと
　●税務調査で否認された不正金額が500万円未満であること

◎税務調査官との交渉をスムーズに進めるために

上記の通り、2条件を満たす場合には原則として青色申告は取り消されないので、税務調査官ときちんと交渉することが大切です。

しかし現場では、この条件に該当しているのに、税務調査官から青色申告の取消しをしない代わりに否認させてほしい、あるいは、青色申告の取消しはしないが重加算税となるなど、青色申告の取消しを理由に交渉してくることがあります。
納税者にとって、青色申告が取り消されると、欠損金の繰り越しができない、青色申告を前提とした特例が使えなくなるなど、リスクが大きくなってしまいます。
こうした場合は、事務運営指針を確認し、青色申告の取消しを回避するようにしたいですね。

なお税務調査官との交渉の際に、自身・自社にとってもっともよい結論を導くには、経験豊富で信頼できる税務の専門家を傍におくことが重要です。税務調査の経験が豊富であってこそ、調査官がどういった考えでどんな質問をしてくるのか、結果どういう交渉をしてくるのかを把握し、交渉を有利に進められます。

手前味噌ですが、当事務所の「税務調査の緊急医」サービスでは、税務調査官の目線や思惑を知り尽くした国税・税務署のベテランOBが在籍し、お客様を徹底的にサポートさせていただいております。貴社の財務状況や経営戦略も念頭に、税務調査を適切に乗り切らせていただきます。

※記事に含まれる法令等の情報は、記事作成時点のものとなります。法令等は随時変わる可能性がありますので、本記事を実務に生かされる際には最寄の税務署か税理士へ確認してください。