【ここが危ない】会社に税務署が入る理由はこれだ！最悪のケースはどうなる？

税務調査というと、大企業や特定の業種に限られた話だと思われがちですが、実際にはそうではありません。会社の規模や決算内容に関係なく、決算申告を一度でも行った企業には税務調査が入る可能性があります。登記先の管轄税務署における企業数や調査官の人数によって時期は前後しますが、おおむね5年に一度程度の頻度で調査が実施されることが多いようです。

税務署から事前通知はありますが、実際には「税務調査に入ります」という確定の連絡を、調査官からの電話で伝えられるだけです。そのため「なぜうちが？」と驚く経営者も少なくありません。こうした理由から、税務調査に備えるためにも、調査のきっかけとなる要因を把握しておくことは、経営における重要なリスク管理と言えるでしょう。

今回は、会社に税務署が入る主な理由と、実際に税務調査が入るとどうなるのか、そして最悪のケースまでを分かりやすく解説します。

◎税務署が会社に入る理由とは？

定期的な調査以外では、税務署が企業に税務調査を行うのにはいくつかの典型的な理由があります。以下のような「危険信号」が出ていると、調査対象になる可能性が高まります。

1. 売上や利益の変動が不自然
前年と比べて売上や利益が急減・急増している場合、税務署はその理由を確認しに来ることがあります。

2. 同業他社との比較で異常値がある
業種別統計と比較して、経費率や粗利率が極端に乖離していると、不自然と判断されることがあります。

3. 赤字が何年も続いている
赤字経営が数年続くと、「本当に事業をしているのか？」と疑われ、実態確認のために調査が入ることがあります。

4. 消費税還付を申告している
多額の仕入や設備投資により還付申告をする場合、不正な還付請求がないか厳しくチェックされます。

5. 元従業員・関係者からの“タレコミ”
税務署には匿名で情報提供が可能です。内部告発がきっかけで調査が始まるケースも珍しくありません。

6、取引先が税務調査の対象となっている場合の反面調査
調査対象の企業だけでは十分な情報が得られない場合、その企業と関係のある取引先などを調査する手法を「反面調査」といいます。通常の税務調査と同様に、帳簿や領収書、契約書の確認が行われます。もし取引先が税務調査を受けているという話が出た場合は、事前に顧問税理士へ相談し、税務調査に備えておくことをおすすめします。

最近では、国税庁でも申告データや業界データを統計的に分析し、リスクの高い申告を抽出するシステムの導入が進んでいます。いわゆるAIによる判定ではありませんが、データ分析により調査対象の優先度が決まる傾向があり、申告内容の不自然さや異常値はますます見逃されにくくなっています。

◎税務調査が入るとどうなる？

実地調査が入ると、次のような流れで進みます。

▼事前通知（任意調査の場合）
通常は1～2週間前に電話などで連絡があります。悪質と見なされた場合は「無予告」も。

▼実地調査
調査官が会社に訪問し、帳簿・請求書・契約書・銀行口座などを細かくチェックします。社長や経理担当者へのヒアリング調査も行われます。

▼指摘・是正勧告
問題が見つかった場合は、「修正申告」や「追徴課税」が求められます。

◎最悪のケース。こうなると危険！

税務調査の結果、重大な問題が発覚した場合、次のような最悪のケースに発展します。

1. 重加算税＋延滞税の課税
意図的な所得隠しや仮装・隠蔽があったとされると、最大で本税の40％にのぼる重加算税が課されます。

2. 刑事告発（脱税容疑）
故意の脱税が明らかになった場合は、国税局査察部（マルサ）による強制調査や、刑事告発に発展することもあります。実際に、代表者が「懲役刑＋罰金刑」を受けた例も少なくありません。

3. 社会的信用の失墜
税務署の調査結果が、金融機関や取引先に知られることで、融資・取引に影響を及ぼすこともあります。

◎税務署が入る時期に「傾向」はある？

税務署の調査は、決算申告から1〜2年後に入るケースが多いです。特に「3月決算」の法人には、6月〜11月頃に調査が集中する傾向が見られます。また、消費税の還付申告をした場合などは、申告後すぐに調査が入ることもあります。

残念ながら税務調査は、いつ・どのような理由で入るのか予測が難しいものです。だからこそ、日頃から帳簿や領収書の管理を徹底し、不自然な取引が発生しないように注意を払うことが重要です。また、税務署の指摘を受けてから慌てるのではなく、日常的に顧問税理士などの専門家と連携を取り、経理体制を整えておくことが何よりの備えになります。

調査の対象にならないための意識と、万が一調査が入ったときにも冷静に対応できる環境づくりは、経営者としての大切な責務です。「知らなかった」「うちは関係ないと思っていた」では済まされないのが税務の世界。ぜひ今一度、自社の体制を見直しておくことをおすすめします。

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